De NIOO-ers bestuderen organismen, populaties, levensgemeenschappen en ecosystemen. Samen onderzoeken ze de volle breedte van planten-, dier- en microbiële ecologie, zowel op het land als in het water. Deze multidisciplinaire samenwerking tussen de ecologen biedt de unieke mogelijkheid om tot een brede, allesomvattende onderzoeksaanpak te komen. Die aanpak is nodig om de vaak uiterst complexe ecologische vraagstukken te ontrafelen.
Onze wereld verandert op het moment dramatisch, terwijl we de ecologische complexiteit ervan nog lang niet helemaal begrijpen. Denk daarbij aan de toenemende afbraak van de biosfeer, het verlies van soorten plus de daarmee samenhangende natuurlijke rijkdommen, de invasie van exotische soorten in bestaande ecosystemen en de opwarming van de aarde.
De kwaliteit van het onderzoek bij het NIOO is bijzonder hoog. Dat blijkt onder meer uit een extern evaluatierapport dat in 2018 is opgesteld. Een internationale commissie 'peers' - topwetenschappers uit het eigen vakgebied – oordeelde daarin net als 6 jaar eerder dat het Nederlands Instituut voor Ecologie 'excellent' is, de hoogst mogelijke score.
Wat de internationale experts het 'unique selling point' van het NIOO vinden, is het interdisciplinaire langetermijn-onderzoek: zoals de biodiversiteitsexperimenten met plant en bodem of de al meer dan 60 jaar lopende studie aan koolmezen. Dankzij dit laatste onderzoek zijn bijvoorbeeld de effecten van klimaatverandering op de natuur zichtbaar gemaakt: internationaal een voorbeeld.
Bij de zoektocht om ecosystemen beter te begrijpen, kiezen we een aantal NIOO-brede thema’s. Dit zijn niet alleen 'hot topics' in de ecologie, maar ook onderwerpen waarin wij het verschil kunnen maken. In 2020 speelt het NIOO een (inter)nationaal leidende en nationaal verbindende rol binnen deze onderwerpen. Daarnaast blijft er uiteraard ruimte voor ‘blue sky research’ buiten de genoemde thema’s.
Voor de komende jaren is er gekozen voor de volgende zeven onderzoeksthema’s: