Bij de zoektocht om de ecosystemen beter te begrijpen is het noodzakelijk om in teams te werken. Niet alleen met diverse ecologen, maar ook met wetenschappers uit andere disciplines, zoals chemici, geologen, natuurkundigen, wiskundigen en moleculair biologen.
Binnen het NIOO werken de onderzoekers en hun assistenten in de volgende afdelingen:
Ook huist in het NIOO:
Overige onderdelen binnen het NIOO: